MapChart is a great chart­ing tool for ge­netic link­age stud­ies…… 唉不管它是啥了，这里我们用来绘制基因在染色体上的定位图片。

安装 MapChart

首先进入 MapChart 主页：https://www.wur.nl/en/show/Mapchart.htm ，我们需要下载两样东西，一是软件本体，二是软件的许可文件。

在 这里 下载 MapChart 2.32，下载下来是一个.exe 程序。

在 这里 下载许可文件，下载下来是一个.zip 压缩文件。

当然，贴心的我已经给你下载好了，如果你下不动的话。点这里

然后是安装。安装的时候可以一路 Next ，这里要注意安装路径。我们可以更改安装 MapChart 的位置，但要记住安在哪里了。

图中显示安装在C盘
图中显示安装在C盘

然后将许可文件解压，得到 MapChart.lic，把这个文件复制到 MapChart 的安装路径里，MapChart 就可以正常使用了。

使用 MapChart

使用 MapChart 的方法我参考了这篇文章，但与文章里给出的方法不太相同（是我们老师给的方法）。

MapChart 的使用有一定格式，如下。

chrom 染色体名称 S=0 E=染色体长度

其中，染色体名称可以用你拿到的文件里 Link­age Group 的名字；S=0 固定，染色体长度是每条染色体中后一个 Link­age Group 里 Map po­si­tion (cM) 的值。

如下，数据以此类推。

chrom LG1 S=0 E=160.4
A 22.3
B 33.9

chrom LG2 S=0 E=160.4
A 22.3
B 33.9

然后打开 MapChart，点击 File 下面的白色图标

在 Data 里填入整理好的数据

点击旁边的 Chart 就可以出图

点击 Chart 上面的保存按钮，可以保存为.mct 的 MapChart 格式，可以用 MapChart 直接打开。或者直接打开 QQ 截图也可以。

如果要加标尺，在顶端菜单栏选择 “Tools”，“Chart op­tions”，“Loci”，勾选最后一个 “Ruler at page mar­gin”，图中便会有标尺了。

本文作者：mikusa

本文链接：https://www.himiku.com/archives/mapchart.html

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